يمكن تصنيف عيوب التجارة الإلكترونية على نطاق واسع إلى فئتين رئيسيتين (العيوب التقنية، والعيوب غير التقنية).
العيوب التقنية
يمكن أن يكون هناك نقص في أمن النظام أو موثوقيته أو معاييره بسبب سوء تنفيذ التجارة الإلكترونية.
لا تزال صناعة تطوير البرمجيات تتطور وتتغير بسرعة.
في العديد من البلدان، قد يسبب النطاق الترددي للشبكة مشكلة.
قد يطلب البائع أنواعًا خاصة من خوادم الويب أو برامج أخرى، مما يجعل بيئة التجارة الإلكترونية بعيدة عن خوادم الشبكة.
في بعض الأحيان، يصبح من الصعب دمج برنامج التجارة الإلكترونية أو موقع الويب مع التطبيقات أو قواعد البيانات الموجودة.
قد تكون هناك مشكلات في توافق البرامج/الأجهزة، حيث قد تكون بعض برامج التجارة الإلكترونية غير متوافقة مع بعض أنظمة التشغيل أو أي مكون آخر.
العيوب غير التقنية
التكلفة الأولية : قد تكون تكلفة إنشاء/بناء تطبيق للتجارة الإلكترونية داخليًا مرتفعة جدًا. قد يكون هناك تأخير في إطلاق تطبيق التجارة الإلكترونية بسبب الأخطاء ونقص الخبرة.
مقاومة المستخدم : قد لا يثق المستخدمون في كون الموقع بائعًا مجهول الهوية. إن انعدام الثقة هذا يجعل من الصعب إقناع المستخدمين التقليديين بالتحول من المتاجر الفعلية إلى المتاجر عبر الإنترنت/الافتراضية.
الأمان/الخصوصية : من الصعب ضمان الأمان أو الخصوصية في المعاملات عبر الإنترنت.
يعد الافتقار إلى اللمس أو الشعور بالمنتجات أثناء التسوق عبر الإنترنت أحد العوائق.
لا تزال تطبيقات التجارة الإلكترونية تتطور وتتغير بسرعة.
لا يزال الوصول إلى الإنترنت غير أرخص وغير مناسب للاستخدام بالنسبة للعديد من العملاء المحتملين، على سبيل المثال، أولئك الذين يعيشون في القرى النائية.